截至2020年5月21日，正在运行的学校与地方、国内外企事业单位共建的联合科研机构41个，分别如下：

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嘉兴同济环境研究院

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同济（嘉兴）新产品研发中心

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同济中车创新研究中心

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中电建路桥同济研究院

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深圳市未来智能网联交通系统产业创新中心

南昌智能新能源汽车研究院

上海市建筑数字建造工程技术研究中心

上海污泥处理与资源化高新装备工程技术研究中心

宜宾同济汽车研究院

同济康泰联合研究中心

江南在线登录入口(中国)有限公司-重塑能源燃料电池技术特殊应用联合实验室

同济-维克多汽车技术联合实验室

氢能与燃料电池技术服务联合实验室

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华人运通技术有限公司-江南在线登录入口(中国)有限公司新能源动力联合实验室

脑智同飞联合研究中心

燃料电池复合电源系统联合实验室

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大地-同济生态环境治理研究中心

中民-同济石材产业研究中心

同济-联州车用制冷剂联合研究中心

江南在线登录入口(中国)有限公司江宁新能源汽车材料创新中心

合禾-同济环境大数据采集、输送、存储、分析计算及应用研究中心

江南在线登录入口(中国)有限公司交科院日照道路交通研究中心

江南在线登录入口(中国)有限公司—太原学院科技成果产业化联合研究中心

同济-启成智能冲压装备联合研究中心

同济川源微生物技术研发中心

先进驱传动系统联合实验室

同济-四川谦宜玄武岩纤维复合材料开发工程中心

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智电汽车技术创新中心

沃尔福国方-江南在线登录入口(中国)有限公司联合实验室